Die Gesamtkirchengemeinde verantwortet die kirchliche Verwaltung. Das Verwaltungszentrum steht für die Gesamtkirchenpflege, das Aktuariat für die Kirchengemeinden außerhalb von Friedrichshafen und die Rechnungsstelle für das Dekanat. Es ist im Haus der Kirchlichen Dienste untergebracht.

Das Stadtdiakonat ist eine Einrichtung der Katholischen Gesamtkirchengemeinde Friedrichshafen. Die Stelle hat zwei Aufgabenschwerpunkte: Sie ist Anlaufstelle für Menschen in vielfältigen Notsituationen mit dem Schwerpunkt der Sozialberatung und Krisenintervention. Zum Zweiten ist der Stadtdiakon für die konzeptionelle und spirituelle Ausrichtung der Herberge für obdachlose Menschen mitverantwortlich.