Die Gesamtkirchengemeinde verantwortet die kirchliche Verwaltung. Das Verwaltungszentrum steht für die Gesamtkirchenpflege, das Aktuariat für die Kirchengemeinden außerhalb von Friedrichshafen und die Rechnungsstelle für das Dekanat. Es ist im Haus der Kirchlichen Dienste untergebracht.

Das bedeutet konkret:

1. Gesamtkirchenpflege: Die Aufgaben der Gesamtkrichenpflege orientieren sich laut Satzung an den Aufgaben der Gesamtkirchengemeinde. Vorrangig übt sie gemäß der Beschlüsse des Gesamtkirchengemeinderats die Finanzhoheit aus. Dies geschieht über die Aufstellung eines gemeinsamen Haushaltsplans für die zehn angeschlossenen Kirchengemeinden. Das Haushaltsvolumen betrug in 2015 14,5 Mio. Euro. Auch die gesamte Buchhaltung und Rechnungsführung für die Kirchengemeinden und ihrer Einrichtungen werden von der Gesamtkirchenpflege übernommen. Die Personalhoheit der Gesamtkirchengemeinde drückt sich in der Anstellungsträgerschaft für die rund 400 Beschäftigten aus. Die gesamte Personalverwaltung ist Aufgabe der Gesamtkirchenpflege. Die Bautätigkeit ist ein weiterer großer Aufgabenbereich: Alle Kirchen, Pfarrhäuser, Gemeindesäle, Jugendräume, Kindergärten sowie sonstigen Liegenschaften unterliegen der Bauverwaltung der Gesamtkirchenpflege. Die Gesamtkirchengemeinde besitzt einige Wohn- und Geschäftshäuser sowie Eigentumswohnungen, die ebenfalls zu verwalten sind. Die Gesamtkirchenpflege hat weitgehende Befugnisse in der Führung der kirchlichen Einrichtungen. Für die Betriebsführung der Kindergärten ist eine Mitarbeiterin, die sogenannten Kindergartenbeauftragte Verwaltung (KBV) angestellt. Der Gesamtkirchenpflegerin unterliegt die Verwaltungsleitung der Gesamtkirchengemeinde und gleichzeitig ist sie Leiterin des Verwaltungszentrums. Ihr obliegt die Geschäftsführung für den Gesamtkrichengemeinderat. Sie leitet ein Team von neun Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter aus den verschiedenen Fachgebieten.

2. Aktuariat. Das Aktuariat erfüllt dieselben Aufgaben wie die Gesamtkrichenpflege aber nicht eigenverantwortlich, sondern als Fachamt und in der beratenden Funktion für die angeschlossenen Kirchengemeinden. Der stellvertretende Leiter des Verwaltungszentrums ist gleichzeitig Aktuar. Er wird von einer Teilzeitkraft in der Buchhaltung in seinen Aufgaben unterstützt.

3. Dekanatsrechnungsstelle. Es unternimmt die Rechnungsführung für das Dekanat Friedrichshafen.